V sklopu prenovitvenih del bolnišnice je bila leta 1997 po načrtih arhitekta Gabrijela Arka urejena tudi bolniška kapela. Oltarno sliko Marije z Jezuščkom, predloge in načrte za izdelavo vitraja, ki prikazuje svetopisemski prizor “Govor na gori”, oltarno mizo, tabernakelj in kropilnik je pripravil Nande Rupnik, nakup pa so s svojimi darovi omogočili bolniki, zaposleni v bolnišnici, Župnija Idrija in drugi dobrotniki.

Kapela je izročena v varstvo Marije Pomočnice kristjanov, ki goduje 24. maja. Tako je Marija Pomagaj zavetnica vseh, ki se zatekajo v bolnišnico, tu delujejo ali so drugače z bolnišnico povezani. 29. oktobra 1997 je slovesnost blagoslovitve vodil generalni vikar koprske škofije g. Renato Podbersič. Prvo sv. mašo je 20. novembra daroval g. Ivan Blažič.

Od 2. marca 1998 je v kapeli vsak ponedeljek ob 11.30 redna sv. maša, vsak večer ob 19. uri pa dobre žene iz soseske vodijo večerno pobožnost rožnega venca in litanij Matere Božje s petjem. Kapela je neprekinjeno odprta in je postala duhovno zatočišče bolnikov, osebja, obiskovalcev ter sosedov; kraj miru, molitve, premišljevanja, prošnje in upanja.