Da bi postavili cerkev v Čekovniku, je s prvo idejo prišel na dan msgr. dr. Franc Močnik. Sicer se je resna želja o cerkvi v Čekovniku porajala že pred drugo svetovno vojno. Italijanski vojaki so imeli sv. mašo prav na kraju, kjer zdaj stoji cerkvica. 11. junija 1995 so se prebivalci Čekovnika v večini odločili za postavitev nove cerkve. 

Zemljišče za novo cerkev sta podarila domačina Miran Černilogar in Rafael Tratnik. Gradbeno dokumentacijo in potek dela je urejal Jožef Ogrič. 8. avgusta 1998 so blagoslovili temeljni kamen. Gradnja cerkve je potekala dobri dve leti. Za zvonove je poskrbel duhovnik Franc Rupnik, takratni župnik v Kobaridu. Po prizadevanju župnika g. Ivana Blažiča in mnogih dobrotnikov danes tu stoji cerkev – na robu police, ki se preveša v dolino Idrijske Bele.

Načrt cerkve je izdelal Cveto Koder, dipl. ing. arh. Cerkev je zasnovana tradicionalno; tloris tvorijo trije kvadrati: zvonik, ladja in prezbiterijski prostor. Celoten koncept deluje tako, da se volumni prostorov proti oltarju sorazmerno večajo, kar poudarja svečanost in svetost prostora. Notranjo opremo cerkve je izdelal Edo Dolinar. Vsepovsod je čutiti simboliko; ladjo in prezbiterij povezujejo klopi, ki zaobjemajo oltarno mizo tako, da se v tlorisu zariše kelih. Vse se izteka k osrednjemu delu, kjer je stena s podobo Svetogorske Matere Božje, ki ji je cerkev posvečena. V obeh kronah Marije in Jezusa so še posebej dragoceni kamni z domačih dvorišč v Čekovniku. Celota oltarne stene je oblikovana kot bivališče, kot Očetova hiša, kjer nas čaka On. Oltar v ospredju nakazuje podobo o razodetju največje Božje skrivnosti Svete Trojice. Ob oltarju na desni strani je ambon, mesto, s katerega se bere Božja beseda, zato ima obliko izvira vode in je simbol za Božjo besedo, ki je neizčrpen vir Žive vode.

Na tleh v ladji je vhod v kripto. S tem vhodom je poudarjeno vstajenje. Na reliefni plošči je upodobljen kraj, ko Lazar oživi – njegovi odvrženi povoji. V oltarnem delu sta dve barvni okni – delo Barbare Tišler, likovne pedagoginje in akademske glasbenice, na katerih sta upodobljena Anton Martin Slomšek in Friderik Baraga. Ob Slomšku in Baragi so otroci, podoba nas vseh – Božjih otrok. Vse, kar je lesenega v cerkvi, je delo mizarja Jožefa Ogriča.

Na Slomškovo nedeljo, 24. septembra 2000 je koprski škof, msgr. Metod Pirih, ob prisotnosti številnih duhovnikov in več kot tisoč vernikov posvetil cerkev, oltar in tri zvonove. To je prva cerkev, ki je poleg svetogorske bazilike posvečena prav Svetogorski Materi Božji.